Ylintä toimivaltaa kunnassa käyttää neljän vuoden välein valittava kunnanvaltuusto. Viimeisimmät kunnallisvaalit pidettiin kesällä 2021, jolloin valittiin uudet kunnanvaltuutetut ajalle 1.8.2021-31.5.2025.
Kunnanvaltuusto valitsee kunnanhallituksen, joka vastaa kunnan hallinnosta ja taloudenpidosta sekä valtuuston päätösten valmistelusta, täytäntöönpanosta ja laillisuuden valvonnasta. Kunnanhallitus on valittu kahdeksi vuodeksi.
Samoin kunnanvaltuusto valitsee lautakunnat, joita Merijärvellä on viisi kappaletta. Merijärven kunnanvaltuustoon kuuluu 15 jäsentä ja hallitukseen 7 jäsentä. Lautakunnissa on pääsääntöisesti 7 jäsentä. Tarkastuslautakunnassa on 3 jäsentä ja keskusvaalilautakunnassa 5 jäsentä. Merijärvi valitsee myös kaksi jäsentä Kalajoen kaupungin perusturvalautakuntaan. Kalajoki on hoitanut Merijärven kunnan sosiaali- ja terveystoimen vuoden 2009 alusta.